通常治療幽門螺桿菌需要四種藥聯合應用，均可產生副作用，但總體而言較安全，通常只要符合治療適應癥，大部分人可以耐受。對于部分年齡較大患者，需要特別警惕藥物對于肝腎功能的影響，常見不良反應如下：1、口苦：如克拉霉素作為一種抗生素，大部分患者服藥時會覺得口苦，但口苦感可隨治療結束逐漸消失；2、黑便：如部分患者口服含有鉍劑胃黏膜保護劑后可出現大便顏色發黑、大便次數多等表現，但并非所有人均出現不良反應；3、其他副作用：藥物可能對肝功能存在一定影響，部分患者還可出現過敏反應，如部分患者對青霉素過敏，服藥后可出現藥物性皮疹等反應。除此之外，如藥品說明書上可能出現較罕見的副作用，臨床相對較少見。