免疫性腦炎后遺癥狀根據腦炎輕重程度劃分。免疫性腦炎可輕可重，輕癥患者可能表現為一過性精神癥狀或者輕度的癥狀，如記憶力問題，治療后即可痊愈，預后較好。較重的自身免疫性腦炎患者，其免疫系統較活躍，對腦部攻擊范圍較大，可能會出現嚴重的癲癇即抽搐，患者可能呼吸功能會受到影響，嚴重時可能會導致死亡。還有一些患者可能會遺留部分癲癇，時常會出現癲癇發作或者精神癥狀。 患者精神出現問題時會在病房中打砸，到處亂沖。比較嚴重的患者會出現整個大腦彌散性病變。患者需長期臥床，甚至出現呼吸循環不平穩，需要用呼吸機或者升壓藥物維持生命體征。