中樞神經系統感染患者的后遺癥與感染后損傷的部位、程度密切相關。大腦感染的患者可表現為意識障礙、智力及運動發育落后。運動中樞受損的患者可出現跛行、抓物困難等肢體運動障礙。腰骶段脊髓受累的患者可表現為二便的異常。部分輕度的病毒性腦炎、化膿性腦炎或腦膜炎患兒治療后可能無后遺癥出現，部分重度、極重度的患兒治療后出現后遺癥的可能性較高。