巧克力囊腫在非經期出現隱痛，可能是粘連。少部分巧克力囊腫患者會疼痛，大部分患者可能會月經期疼，非月經期疼可能是由于粘連所導致。巧克力囊腫是子宮內膜月經期出血所致，異位內膜通過輸卵管異位到卵巢，卵巢會出血，使周圍形成包裹的纖維素或纖維細胞增生，形成陳舊性血包，即巧克力囊腫。巧克力囊腫形成即粘連的過程，所以大部分巧克力囊腫患者有粘連。巧克力囊腫的疼痛癥狀因人而異，粘連形成的過程也是炎癥發展過程。部分患者感覺敏銳，粘連的部位特殊，如骶韌帶或者是直腸前，甚至可能到直腸和陰道縱隔，此時疼痛比較明顯，同房時會明顯疼痛。