對于非淋菌性尿道炎的患者，大多數患者可以治愈。非淋菌性尿道炎的致病微生物，主要是沙眼衣原體和支原體等。對于治療選擇的抗生素，也主要是針對支原體和衣原體，推薦的方案通常是阿奇霉素、多西環素或者左氧氟沙星，這是目前最常用的藥物。對于有些用藥禁忌的孕婦，常常禁忌使用多西環素或者喹諾酮類的藥物，推薦使用阿奇霉素或者阿莫西林，具體的用藥要在醫生的指導下進行。在治療過程當中，應當對性伴侶同時治療，至少治療7天之內要停止性生活。對于時常存在癥狀或者癥狀時常反復的患者，的確由于治療方案有效的并不多，如果存在治療困難，要針對原因進行分析。如果存在癥狀，但是沒有完全依照最初的治療方案進行治療，可以依然采用最初的方案進行治療。如果治療后，與未治療的性伴侶進行性生活而導致癥狀復發，也可以按照最初的方案進行治療。對于難治性的患者，注意有沒有存在滴蟲感染的可能，可以應用甲硝唑進行處理。一般治療的標準是治療以后臨床癥狀消失，無膿性分泌物、尿液澄清、尿沉渣檢測為陰性、宮頸和尿道的圖片為陰性、支原體衣原體檢測為陰性，這就是達到治愈的標準。