做無痛腸鏡時大便應該拉到清水的程度，即看見水無色、無渣，這是標準的清腸程度。在進行腸鏡檢查時基本上不受影響，在所有部位，均可以較清晰觀察到黏膜的色澤、腺管，以及黏膜血管紋理的變化情況。部分患者達不到這樣的標準，但在清水基底上，可以觀察到有較少量懸浮物漂浮，呈淡黃色，此時也基本符合要求。通過腸鏡內的吸引管道，可以吸引出這部分水中少量的渣，不影響對于腸黏膜的觀察。較多患者在喝清腸藥物時，由于攝入液體量不足，達不到清腸的效果，較多患者呈現出稀水樣糞便。如果還有明顯糞便，達不到腸鏡要求。這樣的腸道準備對腸黏膜的觀察有較大影響，所以腸鏡檢查效果會受到一些影響，最終會影響到對于早期疾病檢測的敏感度，可能會遺漏一些比較早期的病變，比如較小的息肉，或黏膜早期改變。