做無痛腸鏡檢查時，病人是在全麻狀態下檢查，應該沒有任何感覺。醫生會給予鎮靜劑，以及鎮痛劑，病人全程并不知曉。有些病情較復雜、年齡較大、體重超重的病人，麻醉師會事先說明，鎮痛劑會應用較少，這時病人可能會清醒，但是會有輕微不適感。做完腸鏡以后，部分病人由于麻醉用量問題，可能會有頭暈、惡心、嘔吐，通常幾小時后能夠完全消退，無需過于緊張。建議休息，適當進食營養，增加體力以后，癥狀可能會逐漸消退。另外，每個人的痛閾不同，個人感受也會有差別。無痛腸鏡比清醒腸鏡舒適，因為做清醒腸鏡時，腸道要打氣觀察，可能會有脹滿、疼痛感。