肛門囊腫發作部位在肛周皮下，發病人數很多。很多人僅感覺肛周皮下有一個腫塊，久坐后會有硌或壓迫的感覺，沒有明顯疼痛。肛周囊腫起病較慢，而且發作緩慢，是慢性疾病，主訴癥狀不明顯，初期不需要治療，但如果囊腫過大，建議手術剝離。肛門囊腫和肛周膿腫、肛周癤腫有明顯的區別，肛周癤腫局部疼痛、紅腫較明顯，而肛周膿腫的癥狀更典型，蔓延更快。