肛門囊腫和痔瘡在發病機理以及病變的具體形態都有較大的差別，痔瘡是比較常見的肛周疾病，發生的原因是由于直腸下段或肛管周圍的黏膜曲張靜脈造成。痔瘡是一團曲張的血管，在大便的刺激和損傷下血管可以破裂，產生比較明顯的出血，嚴重的時候可以呈現噴射狀。肛門囊腫一般指肛周的膿腫或皮脂腺囊腫等感染性或分泌性腫物，腫物內容物為膿性或皮脂腺樣物質。在沒有感染的時候，皮脂腺囊腫表現為堅硬的硬結，肛周膿腫一般按壓有波動感，局部皮膚有發紅、發熱的表現。兩者治療有較大的差別，痔瘡一般是保守療法，如果出血、遷延不愈或痔核較大，脫出肛門，需要進行手術切除。肛門的囊腫，比如肛周膿腫需要進行切開引流，并應用抗生素類藥物控制感染，皮脂腺囊腫可不予處理或局部手術切除，囊腫可以自然緩解。