肛周囊腫為肛周皮下包塊，而痔瘡屬于肛門處的靜脈曲張團塊，臨床上可通過觸診及視診進行鑒別。肛門囊腫也可稱為肛周囊腫，即肛周出現與肛門無關的包塊，多數是由于皮脂腺分泌異常導致。肛周囊腫早期大小類似于癤腫，但感染時可逐漸增大，若長時間存在肛周囊腫，可存留較多豆腐渣樣物質，在急性發作后還會出現類似肛周膿腫樣的嚴重表現。但正常的肛周膿腫與肛門相通，即肛腺引起感染，在后期可合并形成肛瘺。肛門囊腫潰破后，患者的癥狀可明顯改善，囊腫會變小且與肛門不相通，所以不會形成肛瘺。痔瘡即肛門處的肛墊脫出，肛門周圍靜脈曲張而形成柔軟的團塊，與肛周囊腫不同。