根管治療和拔牙沒有好壞之分，需根據患牙的具體情況進行選擇。通常情況下，醫生會盡量保留患牙。因為每一顆牙都很重要，牙齒可以維持正常的咀嚼功能和效率，并且對于美觀和發音也較為重要。因此一旦牙齒出現問題，醫生都先建議進行根管治療。若患牙缺損的范圍太大，缺損太深，已經到了齦下，甚至接近牙槽骨。根管治療后這顆患牙無法再進行冠修復，隨時可能劈裂，這類情況下醫生可能會建議拔除后再種牙。同時一旦智齒出現了齲壞、牙髓炎或根尖周炎，也建議進行拔除。因為智齒位于牙弓最底端，在智齒進行治療時，需盡力張嘴，醫生操作較為困難，且智齒的形態、根管系統較為復雜，變因較大，又給操作增加了難度。智齒經過根管治療后，有可能會失敗復發，所以一旦智齒出現以上情況，建議進行拔除。