子宮內膜異位癥的治療原則最主要還是為了縮小病灶、減輕疼痛、促進生育、預防復發。從治療原則上來講，還是需要因人而異，需要結合每個人不同的年齡、發病的部位、發病的嚴重程度，給病人帶來的一些生活、工作、身體上的障礙，以及未來的生育要求、是否已經接近圍絕經期、盆腔里面的包塊有多大，進行綜合治療，沒有千篇一律的治療方案。對于年輕需要保留生育功能的女性，一方面需要借助于很多藥物減少子宮內膜異位灶的持續性進展，否則，長此以往會導致女性生育能力的大幅度下降。因此，必須要給予一些相應的藥物，同時還會鼓勵女性應當盡量早些完成生育，以免當年齡過大，子宮內膜異位癥的嚴重程度也越來越大。如果能盡早生育，未來的不孕不育癥的風險，將會大幅度降低。可以選用孕激素、達那唑或者促性腺激素，釋放激素的激動劑，這些藥物大多數還是可以控制體內激素變化，尤其是需要抑制卵巢功能，抑制卵巢周期性排卵。多數能讓子宮內膜處于逐漸萎縮的狀態，當在位的子宮內膜處于萎縮狀態時，異位的子宮內膜也會出現一定程度的萎縮，對于未來疾病的進展，目前疼痛的緩解，都能起到很好的作用。而且又不涉及子宮切除這一類非常嚴重的、導致不孕癥的大型手術。因此，對于希望保留生育功能的女性，是首選的藥物治療。對于因為盆腔子宮內膜異位癥而沒法懷孕，導致不孕的患者，要給予一些手術治療。還有一些年紀大的女性，已經進入圍絕經期，疼痛的嚴重程度難以緩解，就沒有辦法耐受，必要時，還可以選擇子宮內膜異位癥的根治術，將全子宮、雙附件以及所有的病灶全部切除，就不會有月經來潮。