子宮內膜異位癥的治療，主要依據病灶位置及病灶大小判斷，臨床上以卵巢部位最常見，如卵巢巧克力囊腫，以手術治療為主，手術治療可達到祛除病灶的目的，另外可明確診斷。因卵巢腫瘤在明確病理前，無法判斷其良性與惡性程度，手術治療可去除病灶指導后續治療，同時祛除卵巢巧克力囊腫或子宮內膜異位癥病灶，如無其他因素導致不孕，術后部分患者可自然提高受孕率。