普通電子結腸鏡檢查會有疼痛感，是內臟疼痛，腸道蠕動特別快時，胃腸平滑肌的收縮、痙攣。這種疼痛與軀體的切傷、劃傷、刺傷，疼痛不同，軀體的疼痛很尖銳，定位準確，而內臟的疼痛定位不準確，有時還伴有惡心。電子腸鏡檢查，清醒的普通腸鏡，疼痛程度與被檢查者腸道的形態有關，如腸管皺褶比較少，操作時很容易進到回盲部，病人疼痛的感覺會輕。另外還可能與醫生操作的經驗有關，如果檢查時總打氣，疼痛會明顯，因為對擴張腸壁會比較敏感。有些病人的腸管耷拉，導致銳角較大，進鏡子時比較費勁，疼痛感覺可能會比較強，反而在內鏡下進行活檢、切割，沒有明顯的感覺。如果懼怕疼痛，也可以選擇無痛結腸鏡檢查。