無痛結腸鏡檢查過程一般無不適感，但普通結腸鏡檢查痛苦較大。正常人體結腸約長2m，甚至更長，腸道存在彎曲，包括乙狀結腸、肝區、脾區，彎曲部位角度較大，檢查較困難，患者痛苦較大。若患者接受過腹部手術、絕育手術，存在腹部炎癥、腹膜炎病史，易存在腹腔粘連，進行結腸鏡檢查則較為痛苦。此外，醫生操作手法同樣影響該項檢查的痛苦情況，但主要與患者腸道情況及腸道敏感度相關。