結腸鏡的檢查有一定痛苦，痛苦性的高低因人而異，個體差別非常大。結腸鏡的檢查要讓患者口服瀉藥和大量水，將腸腔內洗干凈，即將腸腔內的大便充分排出。腸鏡經肛門進鏡，逆行向上檢查，一直到達盲腸或者回腸末段再推進，對結腸的各個腸段的黏膜進行仔細觀察。腸鏡在檢查的過程中，因為腸腔存在著彎曲以及成袢的情況，所以還會給腸腔注氣，患者會出現腹痛、腹脹等癥狀，尤其在腸鏡經過乙狀結腸時，癥狀比較明顯。對于沒有經過腹部手術的患者，以及體型比較勻稱的患者，行腸鏡的檢查痛苦性比較小。如果做過腹部手術，可能會造成腸粘連，在腸鏡牽拉的過程中，患者就會出現疼痛。體形過度肥胖以及過瘦的患者，腸鏡的痛苦性也比較大，如果無法忍受腸鏡的痛苦，可以考慮行無痛腸鏡檢查。