秋季小兒腹瀉的病原體，要分清楚兩個概念，具體如下：1、有些小兒可能存在秋季腹瀉這個疾病，如果小兒是秋季腹瀉這個疾病，常常是輪狀病毒感染所引起的疾病；2、小兒在秋季的時候，可能會因為各種各樣的病原感染引起腹瀉，即小兒的腹瀉只是發生在秋天這個季節，這個時候引起小兒腹瀉的病原體就多種多樣，比如各種各樣的細菌或者病毒等，包括其他一些少見病原體，都可能會引起小兒腹瀉。當然在秋冬季節，最常見的引起小兒腹瀉，還是各種各樣的病毒感染，例如輪狀病毒或者諾如病毒，以及其他的各種病毒。除此之外，小兒也仍然會存在細菌感染，比如可能吃了不干凈的食物等，這個時候如果出現腹瀉，可能是細菌性腸炎。