感染性腹瀉有多種病原體，夏秋季節所導致的常常是輪狀病毒、諾如病毒，也有一些是食用腐敗變質的食物，甚至霉菌所導致。還有一些是細菌導致，細菌感染是整個感染性腹瀉里最常見的。 針對細菌導致的腹瀉需要積極抗菌治療，特別是針對腸道細菌。細菌導致腹瀉多見于革蘭氏陰性菌，特別是大腸桿菌所導致的腹瀉，一般要使用針對革蘭氏陰性菌的藥物，比如喹諾酮類藥物、頭孢三代等，這些最常見的是用喹諾酮類的藥物，治療療程一般急性感染，3天左右基本比較穩定。如果是慢性感染，療程可以適當延長，或重度感染療程也可以適當延長。