肛瘺手術的并發癥即肛門失禁，但肛門失禁很少發生，一般會有輕度的肛門功能損傷，有時因手術切口較大可形成鎖眼畸形，造成肛門閉合不全，可引起稀便或腸液外溢，叫不完全性失禁，真正引起完全性失禁的手術現在很少見。 引起完全性失禁主要因高位肛瘺或膿腫，侵及肛提肌以上，手術時因醫生經驗不足或因疾病本身造成肛提肌完全損傷，肛門功能括約肌能力下降引起肛門失禁。現在此情況一般較少見。 對肛門失禁此問題，患者無需過多擔心，一般專業肛腸科醫生會特別注重肛門功能保護，不完全性失禁一般輕微。