多數情況下，腎囊腫的二次手術，并不是十分嚴重。因為腎囊腫通常是良性疾病，進行二次手術可能提示腎囊腫復發。對于腎囊腫，通常在腹腔鏡下行腎囊腫去頂術，只需將囊腫外露的囊壁去除即可。在多數情況下，操作并不會特別復雜、困難。但是第二次手術會比第一次手術棘手，因為局部可能存在粘連，做過手術的層次可能并不清楚。但總體而言手術較為簡單，也不存在需要切除干凈的要求。因為對于良性疾病，手術切除的意義較小，并且良性病變一般不會危及患者的生命。