腎囊腫的手術方式有以下兩種：1、腎囊腫穿刺引流加硬化劑注射治療：手術在局麻下進行，在B超引導下找到腎囊腫，用比較長的針經由體表穿刺進入腎囊腫，將腎囊腫內囊液大部分引出體外，之后在囊腫之內注射藥物，使囊腫產生無菌性炎癥，不同囊壁之間產生粘連，減少腎囊腫以后再長或者再復發的機會；2、腹腔鏡下腎囊腫去頂術：手術通常在全麻下進行，在腹腔鏡下進行，一般在腹部、腰背部打三個孔，在觀察鏡觀察下找到腎囊腫，用電刀、超聲刀將囊腫頂部的囊壁整個切除掉，把囊液放出，同時在囊腫內充填部分脂肪，或者對囊腫的囊壁進行處理，使遠期不會有囊腫復發的情況。