核酸檢測可以用于檢查梅毒，但臨床上用的最多的是梅毒血清學檢測，通過血清學檢測梅毒特異性血清抗體是否存在陽性，和梅毒非特異性的血清抗原是否存在陽性，由這兩項檢查就可以幫助判斷是否存在梅毒感染。核酸檢測是針對梅毒核糖體的RNA作為模板進行檢測，做的是反轉錄聚合酶鏈反應，叫RT-PCR的檢測，這種檢測能夠更加敏感地檢測到梅毒核糖體RNA的存在。如果存在檢測陽性，就提示存在具有病毒活性的梅毒螺旋體，所以核酸檢測可以用于檢測梅毒，只是絕大部分的醫療機構做的最多的是梅毒血清學檢測，通過血清學檢測基本就可以判斷梅毒。?只有少部分醫療機構同時做梅毒核酸檢測，或者梅毒血清學檢測可疑的情況下，需要進一步驗證的基礎上，可以去做梅毒核酸檢測。這種檢測不屬于常規檢測，但是核酸檢測可以用于檢查梅毒的，可以查出梅毒陽性。