膽管腫瘤存在良性情況，腫瘤分為良性和惡性，但是一般醫學上良性腫瘤稱作瘤，惡性腫瘤一般稱為癌或肉瘤。因此膽管腫瘤既有良性，又有惡性，惡性膽管腫瘤如膽管癌，它是發生在膽管上皮的惡性腫瘤，膽管良性腫瘤包括膽管壁囊腫、膽管壁腺瘤等。醫學上的膽管腫瘤都有可能發生阻塞膽管、梗阻性黃疸，因此臨床上膽管的良性腫瘤和惡性腫瘤表現較類似，都會引起梗阻及黃疸。但醫學上惡性腫瘤具有禁忌性，還需要更豐富的血供。術前通過CT、核磁共振等檢查，大部分可以區分膽管腫瘤的良、惡性。膽管良性腫瘤，通常需要手術切除，但和惡性腫瘤不同，惡性腫瘤需要切除的范圍更廣泛。