臨床上，經顱磁刺激儀的適應證比較廣泛，對不少疾病都有一定的治療效果，主要治療以下的疾病：1、腦血管病：在腦梗死、腦出血恢復期都可以應用，但在發生急性腦血管病時，尤其是發生急性腦出血時，經顱磁刺激儀禁止使用。在恢復期，患者癥狀緩解，逐漸好轉過程當中，經顱磁刺激儀可作為一種輔助康復的治療。通過產生興奮性突觸后電位，對于梗死或者腦出血遺留的語言障礙，以及認知能力的改善比較好，對于肢體活動的改善有限，但是也有一定的幫助；2、心理疾病：對焦慮癥、抑郁癥，以及自閉癥有一定的療效，可以起到輔助治療的作用。經顱磁刺激儀需要配合口服抗焦慮、抑郁的藥物，以及心理疏導、心理治療三管齊下，對于重度的焦慮、抑郁癥有比較好的療效；3、其他類型的腦部器質性病變：比如腦癱，缺血、缺氧性的腦病，以及代謝性腦病、認知障礙、神經變性病，也有一定的治療作用。