經顱磁刺激功效其實很多，因為磁場可以作用于大腦皮層，產生生物電流。神經細胞它本身會產生生物電，這些腦功能都是在生物電的作用下產生，所以磁產生了電就會干擾生物電。強磁場、高頻率可以讓大腦皮層興奮，而低頻率刺激可以讓大腦皮層受到抑制。所以經顱磁刺激是根據調節興奮和抑制的平衡來治療疾病。如有些病是興奮過強，如癲癇，大腦太興奮，所以就抽起來。給患者一點抑制，讓他興奮性不要強，癲癇就不會發作。還有些病是抑制太強，這些病人渾渾噩噩，如癡呆，給患者高頻刺激，提高大腦皮層的興奮性，這樣大腦活動會增強，大腦血流量也增加，這樣患者的智力得到了改善。所以根據原理來講，經顱磁刺激能治療很多種神經系統和精神系統的疾病。