經顱磁刺激儀在康復治療中是一個非常有效的新技術，作為神經康復的有效治療方法，經顱磁刺激儀是目前康復醫學研究和應用的熱點問題之一，為腦功能障礙的患者探索出非常有價值的物理治療的新思路，更成為本世紀神經康復的新突破。經顱磁刺激儀作為一種無痛、無創、操作安全、可靠方便的新型技術，可以改善卒中患者運動功能的障礙、失語或認知功能障礙、偏癱側忽略、脊髓損傷、帕金森癥、抑郁癥等多種問題。在精神心理方面，經顱磁刺激儀對抑郁癥、精神分裂癥、強迫癥、狂躁癥、焦慮癥、創傷后應激障礙有一定的治療效果，特別對小兒腦癱、孤獨癥、癲癇、注意力缺陷等多動癥也有一定的作用。