直腸和肛門是下消化道的最外側，一般出現了下腹部墜脹、疼痛和肛門疼痛異常或者排便異常時，通常考慮是肛門疾病和直腸疾病。在診斷這兩個部位的疾病時，先考慮的檢查項目可能是腸鏡。腸鏡可以明確看到直腸內的相應病變，比如直腸的惡性腫瘤、息肉、炎癥、潰瘍，皆可以發現。在腸鏡插入肛門的時候，可能直接略過肛門，從而無法直觀檢查肛門部的病變，比如痔瘡、肛裂，以及肛管的炎癥、肛竇炎，這些通過腸鏡不易診斷。如果要檢查肛門部的疾病，一般建議做肛門鏡的檢查，而肛門鏡是專門檢查肛門、肛管部位的疾病。