腸鏡后肛門疼的情況很少出現，需分析具體情況以及具體原因。首先做腸鏡之前肛門疼不疼，如果做之前就疼，可能跟原發疾病有關。其次如果做之前不疼，做完之后疼，一般是患者在做之前就有痔瘡或肛裂，若反復內鏡進出，有可能會誘發患者疾病發生。腸鏡檢查之后可能會出現肛門疼痛，甚至有些患者會出現少量便血。如果沒有明顯的腸道損傷，在這種情況下，與平時出血疼痛的處理一樣，保持肛門周圍的清潔，保持飲食清淡，幾天后會自行慢慢緩解。