灌腸時選擇藥物根據治療目而決定，具體如下： 1、通便：可以選擇生理鹽水、溫開水、肥皂水，可以加少許甘油灌腸劑；2、結直腸手術：應該用生理鹽水灌腸，避免引起直腸黏膜充血、水腫，反復灌腸是為了清潔腸道稱為清潔灌腸；3、用于治療：如潰瘍性結腸炎患者，需要用美沙拉嗪灌腸液或者中藥治療，醫生開取處方熬出中藥，然后選擇37-40°C的溫度，再灌至直腸，能夠灌到乙狀結腸效果更好，憋一晚進行藥物的吸收治療。肝硬化患者也經常會灌腸，用30ml的白醋與250ml的生理鹽水混合，稱為弱酸性溶液灌腸，目的是酸化腸道并減少氨吸收，從而降低肝性腦病風險。