灌腸需要把肛管置入到肛門和直腸，外力的影響可能會導致腸黏膜損傷。灌腸時使用的灌腸液滲透壓比較高，有時還會增加促進排泄的大分子物質，從而對直腸黏膜也會有明顯刺激。經常產生強烈刺激可以使腸黏膜內部分敏感的感受器變得逐漸遲鈍，可能患者會對灌腸產生依賴，如果不進行灌腸可能較難引起正常的生理排便。灌腸可能造成直腸黏膜損傷，甚至造成直腸穿孔，這些均是可能由于灌腸所產生的不良影響。患者在便秘的時候，盡量通過生活方式、飲食、運動，以及比較安全相對副作用小的藥物進行調節，避免使用灌腸緩解便秘的情況。如果患者便秘情況比較急迫，偶爾也可以使用灌腸的方式，但如果經常使用灌腸的方式，可能會造成比較多的不利影響，如產生依賴、腸道損傷、黏膜損傷，從而影響健康。