早上起床小肚子脹痛的原因，主要如下：1、憋尿時(shí)間長(zhǎng)：患者被尿憋醒，膀胱充盈、擴(kuò)張，可造成小肚子痛，為較常見的情況；2、腸功能紊亂：可能是晚上沒蓋好被褥，受到低溫刺激，導(dǎo)致肚子受涼，引起腸胃敏感、易激惹，可引起腸管痙攣性收縮，從而引起脹痛；3、自主神經(jīng)功能紊亂：自主神經(jīng)功能紊亂導(dǎo)致腸功能紊亂，腸道正常1分鐘有3-5次有節(jié)律的收縮。而腸功能紊亂時(shí)，1分鐘可快速收縮7-8次，此時(shí)可由痙攣、收縮引起小肚子疼，而有時(shí)又不收縮，1分鐘也不收縮1次，從而造成腸胃脹氣，產(chǎn)生脹痛；4、器質(zhì)性疾病：直腸、盆腔的臟器有病變，如直腸炎、直腸腫瘤、盆腔腫瘤，女性患者患有的子宮肌瘤、卵巢腫瘤、輸卵管腫瘤、大的囊腫等，均可造成小肚子脹痛，此時(shí)需進(jìn)行盆腔的磁共振或者彩超等檢查，檢查是否有占位性病變。