由于患者尿液濃度相對較高，進而尿液中有溶質，如結石結晶或者尿酸原本溶解在尿液中的成分，因濃度過高而沉積，表現為腎臟中有結晶體出現。結晶可以有各種成分，較常見形成結石成分的結晶，如草酸鈣、碳酸鈣。此外，對于存有特殊代謝情況或特殊疾病患者，如高尿酸血癥或痛風患者，可出現尿酸結晶現象。患者有胱氨酸代謝異常，尿液中胱氨酸濃度過高后即可形成結晶，在腎臟集合系統沉積。因此，結晶實際屬于結石早期表現。