奧硝唑是治療厭氧菌感染的抗生素，并不常規用于泌尿系統感染的治療，兩者覆蓋的細菌范圍不一樣。泌尿系統感染，多數為革蘭氏陰性桿菌引起，其中以大腸桿菌較為常見，奧硝唑對于常見的革蘭氏陰性桿菌覆蓋，或治療效果并不理想。特殊情況時，若通過尿培養等方法，證實確實是由厭氧菌引起的泌尿系統感染，才會考慮應用奧硝唑等抗厭氧菌的藥物。普通泌尿系統感染，即革蘭陰性桿菌引起的感染，一般是使用喹諾酮類或頭孢類的抗生素治療，如左氧氟沙星，或二代、三代頭孢等，均能較為合適的覆蓋到革蘭氏陰性桿菌，因此作為泌尿系統感染治療的常用藥和首選藥物。