奧硝唑和甲硝唑都屬于硝基咪唑類藥物，都用于治療厭氧菌引起的感染。二者不同之處在于奧硝唑屬于比較新一代的硝基咪唑類的藥物，能夠減少甲硝唑所引起的一些消化道不良反應，比如惡心、嘔吐、食欲不振、腹部絞痛等。同時，奧硝唑的藥效持續時間更長，所以可以減少服用次數，患者服用起來會比較方便，所以在抗感染治療方面優勢更為明顯。 奧硝唑的適應癥包括治療由于厭氧菌感染引起的多種疾病，包括男女泌尿生殖道毛滴蟲、鞭毛蟲感染引起的疾病；還有腸道阿米巴蟲引起的感染；手術后厭氧菌感染。不良反應包括輕度頭暈、頭痛、嗜睡、胃腸道反應。 而甲硝唑的療效類似，主要是用于厭氧菌引起的感染，如牙齦炎、牙周炎、冠周炎、腸道阿米巴疾病引起的感染等。不良反應主要是消化道不良反應，包括惡心、嘔吐、食欲不振等。