即使使用最有效的治療方案治療幽門螺桿菌感染，也有可能再次復發，主要是原有的幽門螺桿菌沒有被徹底殺滅而引起。對于幽門螺桿菌完全被殺滅的患者而言，其復發率只有5%左右。臨床上幽門螺桿菌感染治療的失敗率高達30%，因此，復發不一定是再次感染，而是原來的幽門螺桿菌沒有被完全消滅導致。 影響幽門螺桿菌復發的因素，包括初始治療效果和個體易感性。患者一旦復發需重新選擇治療方案，或者根據藥敏試驗選擇新的藥物，主要是選擇抗生素。患者在治療的同時，還需要采取必要的預防措施，比如注意飲食衛生，家里的餐具需用流動水進行清洗或者消毒，避免口對口喂食，餐前便后洗手，這些措施對于預防再次感染以及增加幽門螺桿菌根除率非常重要。