對于十二指腸潰瘍，如果服用比較強的制酸藥，治療療程是4-6周，連續服藥4-6周。對于胃潰瘍，需要再更進一步延長療程，到6-8周才能完成規范的消化性潰瘍的治療周期。如果僅服藥2-3周，癥狀緩解就停藥，潰瘍可能也處在愈合期，但是潰瘍愈合質量較差。沒有達到黏膜下完整愈合時，潰瘍很容易復發。 為了減少潰瘍復發率，一定要達到比較好的、規范的潰瘍藥物的使用周期。在完成潰瘍質子泵抑制劑藥物治療周期以后，還要檢測有無幽門螺桿菌存在。如果有幽門螺桿菌持續感染，胃潰瘍年復發率在60%左右，一半以上的潰瘍都還會復發，所以一定要檢測和根除幽門螺桿菌。