頸椎核磁共振其實沒什么痛苦，主要是人躺在相關機器上，在核磁運轉下對頸椎整體部位進行掃描。核磁檢查時，無論哪個部位均需花費較長時間，且核磁室環境密閉，機器運轉時產生的噪音較大，部分人有幽閉恐懼癥，則無法耐受在密閉且有噪音的環境中久待，因此可能出現精神上的痛苦。倘若沒有幽閉恐懼，軀體上并不會出現不適及痛苦感，只需安靜躺下不動，核磁機器運轉結束后檢查即可結束。頸椎核磁對于頸部疾病診斷、指導治療計劃非常重要，須配合檢查。