核磁共振檢查是無創檢查，像做B超、CT、核磁時，醫生只負責開單，并不會手術前再談話、簽字，說明檢查可能有傷害，但是做任何小操作時，不管取環、上環甚至更小的操作，都會要談話、簽字，因此核磁共振是非常安全的檢查，本身沒有痛苦，子宮內膜異位癥的患者和其他人一樣，不會因為得了子宮內膜異位癥，做核磁就會有痛苦。如果是磁波治療，則為其他情況，其并非檢查，需要談話、簽字，兩者并不一樣，其本意是造成肌腺瘤或者肌腺癥壞死，因此會有一些疼痛感，多數臨床患者可以耐受，但是也有個別人燒的肚皮有壞死狀態出現，疼痛就很明顯，技術提高可能減緩疼痛問題。做核磁共振檢查并沒有任何痛苦，做磁波治療有一定疼痛，必要時可以用鎮痛等方法進行緩解。