大部分川崎病的兒童預后較好，猝死率或者死亡率在1%以下。若無嚴重并發癥，川崎病兒童與正常人壽命相同，目前根據中國人調查顯示，平均壽命可能達到70歲左右。極少數有嚴重并發癥者的壽命可能受到影響，比如早期血管炎較重，同時心臟受累比較明顯，患兒出現巨大冠狀動脈瘤、缺血性心臟病、以及心臟結構與功能改變、心功能下降以及心律衰竭時，兒童預后根據心血管并發癥的嚴重程度因人而異。部分兒童早期出現較嚴重的并發癥，甚至可出現心源性猝死，可能在患病后4-5年，最終由于嚴重心血管并發癥危及生命。