多數肝多發囊腫不會發生癌變，少數囊腫本身就是腫瘤性囊腫，有可能發生癌變。肝臟囊腫從定義上區分，可分為單純性囊腫、寄生蟲性囊腫、腫瘤性囊腫。從目前臨床經驗看來，單純性囊腫、寄生蟲性囊腫及潴留性囊腫一般不會發生癌變，雖可能會增大、增多，但對于身體的影響較為有限。少數患者囊腫本身為腫瘤性囊腫，即本身可能是相對惡性度低的囊腺瘤，但隨著腫瘤發展可能會癌變，最終演變成囊腺癌。故臨床上對于肝臟多發囊腫患者，應通過積極影像學檢查對囊腫進行評估。懷疑是囊腺瘤的患者應進行積極處理，避免發生囊腫癌變的情況。而影像明確診斷的單純性囊腫患者可進行長期觀察，通常不會造成嚴重影響。