囊腫可能會產生癌變，產生囊腫的部位的較多，如宮頸囊腫、卵巢囊腫、子宮囊腫等。宮頸囊腫即宮頸納氏囊腫，其產生癌變的幾率較少，但宮頸其它部位上皮可能會產生癌變。另外，卵巢囊腫主要分為良性囊腫、惡性囊腫以及交界性囊腫，所以卵巢囊腫可能會產生癌變。若為良性囊腫，經過數年后可逐漸發展成交界性囊腫，再逐漸轉化成癌，所以卵巢持續存在超過3cm的囊腫需引起重視。若為惡性囊腫，如囊腫中存在實性成分，且存在血流信號，腫瘤標志物也存在高度異常，則懷疑屬于惡性囊腫。但存在某些囊腫剛發現時存在某些良性表現，如沒有明顯血流信、腫瘤標志物較低，且沒有實性成分，但隨著持續時間延長，部分上皮逐漸轉變成惡性腫瘤。所以囊腫可能產生癌變，但不是所有的囊腫均會產生癌變，僅存在部分囊腫會產生癌變。具體哪類囊腫會產生癌變，一般從術前或輔助檢查中難以判斷。