明目地黃丸建議飯前服用，中醫認為補益藥應飯前服用，以保證胃氣最大程度消化和提取藥性、藥力補養身體。如果飯后服藥大量胃氣消化食物而不是藥物，藥效可能出現浪費，因此建議飯前服用補益藥物，避免浪費藥效。對于胃病患者、平時脾胃功能較差者，建議飯后服用明目地黃丸，以減少藥物對胃部的刺激性，減少副作用。胃病患者對食物或藥物刺激性比較敏感，明目地黃丸雖是補益藥，但含有滋補性成分。如地黃就是較滋膩中藥，對胃部刺激性比較明顯，同時含有石決明貝殼類中藥，對胃部也有一定刺激性。另外，如果明目地黃丸以大蜜丸形式給藥，藥粉直接與蜂蜜攪拌在一起入藥，而不是先有藥材的水煎液，然后做成顆粒劑，原藥粉直接入藥也會增加胃部刺激性。