巧克力囊腫是否引起小腹疼痛，通常與患者的發病時間以及程度有關。通常輕度巧克力囊腫的患者沒有癥狀，多數是在早期體檢時發現。巧克力囊腫典型癥狀為盆腔疼痛，包括痛經、慢性盆腔疼痛、肛門墜脹感，以及性交疼痛等，均屬于巧克力囊腫和其它子宮內膜異位癥典型癥狀。當出現上述癥狀時，患者可以積極尋求治療，如使用甾體類或孕激素類止痛藥等，均為盆腔疼痛的有效治療方法。此外也可以選擇二線治療、GRH即生長激素釋放激素等其它治療方法。