熬夜拉肚子(醫學中稱為腹瀉)，多數患者可能因為經常熬夜引起神經功能的紊亂，進一步影響到腸道功能紊亂，有的患者可能就會出現腹瀉的情況。胃腸道功能的調節受中樞神經系統功能的調節，也有胃腸神經自身神經功能的調節，還有自主神經的調節，三者之間有密切的功能聯系，稱為腦長軸的互動調節關系。盡管熬夜可能會影響作息時間，經常熬夜會打亂生活的節律，可能影響到中樞神經。對于胃腸神經功能的調節，也會打亂腸道自主神經功能的調節，從而會引起腸道運動功能紊亂、腸神經功能紊亂，也會影響腸道分泌的激素、神經遞質等。通過此機制，影響腸道功能的紊亂，可能就會出現腹瀉，有的患者可能會出現腹瀉、便秘交替等，熬夜經常腹瀉的臨床癥狀，也稱為功能性胃腸病。