病毒性腦膜炎后遺癥與病毒侵犯大腦部位有關。因為大腦是按照功能區定位，如果影響到某一功能區域變化，就會出現相應后遺癥。 如影響肢體功能，患者會出現行走不穩、肢體偏癱，或者出現癲癇。有些患者會出現喜怒無常、大哭大鬧，有些會影響智力發育。部分患者會出現視力、聽力障礙，還會影響體溫變化。以上主要與病毒性腦膜炎損傷大腦核團有關系，所以病毒性腦膜炎后遺癥多種多樣，并不固定于某一個模式上面。