病毒性腦膜炎后遺癥大部分可以治療，通過康復訓練、藥物的對癥治療、營養神經的藥物治療等，可以改善80%-90%的后遺癥。病毒性腦膜炎常見的后遺癥有運動障礙、感覺障礙以及不自主運動等，可以通過康復訓練，包括作業訓練、手腳正常功能的訓練等，在半年內可以改善80%-90%的功能。同時要給予營養神經的藥物，包括甲鈷胺、維生素B1、神經節苷脂以及鼠神經生長因子等。通過康復訓練和藥物對癥治療，可以改善運動障礙與感覺障礙。此外，病毒性腦膜炎還可能導致智能下降，包括記憶力下降、計算力下降等，也可以通過智能方面的訓練，逐步地改善后遺癥。但后遺癥可能不能完全康復到原來正常的水平，可以通過康復訓練，改善記憶力和計算力。還有一部分病毒性腦膜炎后遺癥是因為癲癇發作，可以做腦電圖確診。確診后要給予抗癲癇治療，也可以改善其癥狀，部分后遺癥可以治愈。