磁共振判斷部分腫瘤，如海綿狀血管瘤、錯構瘤、子宮肌瘤，準確率可達100%。但部分腫瘤表現可能不典型或檢查方法錯誤，則磁共振的準確性會受到影響。如醫生僅看到胃壁增厚，但胃壁增厚有很多原因，如炎癥、腫瘤，食管靜脈曲張等。 但如果患者做增強，尤其是做磁共振T2加權像和彌散加權像，則可看到腫瘤胃壁增厚的彌散受限，即皮革胃。此時較易做出胃癌或胃淋巴瘤的診斷。如果患者沒有進行增強檢查，單純看見增厚，則無法做出準確診斷。而肺磨玻璃結節可能為浸潤性肺癌，若為浸潤性肺癌進行CT檢查可清楚診斷，但磁共振卻無法診斷。