頭兩邊疼痛的原因如下：1、顱內器質性病變：建議行頭顱核磁共振檢查、頭顱血管核磁共振檢查，明確是否有顱內占位性病變，如腦出血、腦梗塞、腦腫瘤、動脈瘤破裂等，建議神經外科會診、檢查；2、感染：尤其是病毒性感染導致感冒、上呼吸道感染、肺炎，建議及時到呼吸科進行檢查，必要時行肺部CT檢查；3、過量食用咖啡：可誘發頭兩側疼痛，因為咖啡可使血管擴張、刺激神經；4、頸部病變：頸椎病、頸肩部軟組織損害、頸椎小關節病變以及頸椎間盤突出癥會刺激、壓迫頸神經，建議行頸椎核磁共振檢查，明確病因進行治療。