卵巢囊腫有良性和惡性之分。卵巢囊腫種類非常豐富，各種各樣的組織結構都可以在卵巢發生腫物。根據腫瘤標記物、B超、CT、核磁的表現，可以有助于區分卵巢囊腫究竟是良性還是惡性。如果卵巢囊腫直徑比較小，內部無回聲，即內部為液體，很有可能是良性腫物，還有可能是生理性囊腫，在2-3個月后月經后再復查就會消失。而如果囊腫持續存在，或者直徑超過5厘米，即使考慮良性卵巢腫瘤，也應該積極地進行手術。如果腫瘤短期內生長迅速，囊腫內部有密集點狀回聲或其他的高回聲、低回聲，囊壁有不規則凸起，有可能是其他腫物。如果僅僅是密集點狀回聲，并且有痛經病史，有可能是巧克力囊腫。如果其直徑超過4厘米，也有手術指征。如果囊腫內部有高低回聲，提示有內部結節、乳頭存在，有可能是惡性，甚至是交界性腫瘤。如果腫瘤標記物升高，更應該積極手術。