胃腸道間質瘤可以發生在消化道的任何部位，胃和小腸是最常見的原發部位，胃間質瘤占到約60%，小腸間質瘤約占30%，結直腸、食管，以及胃腸道外的間質瘤相對少見，部位包括網膜、腸系膜、腹膜后、膽囊、胰腺等。胃間質瘤和小腸間質瘤相比在發現時大小比較小，而且核分裂象比較低，早期發現比較多，因此胃間質瘤通常有更好的總生存率。大多數胃腸道間質瘤復發都在腹腔內，先前的研究表明，在發現時大約50%的患者已經有轉移，肝臟是最常見的轉移的部位，其次是腹腔，但很少侵犯區域淋巴結或者腹腔外的器官。胃間質瘤需要完善胃鏡和超聲內鏡的檢查，了解腫瘤在胃的具體部位，以及胃壁層次的關系，小腸及結直腸間質瘤主要以腹部CT或者磁共振來明確。